Naturvårdsverket får sin finansiering främst via anslag som framgår i myndighetens regleringsbrev. Ekonomistyrningsverket samlar samtliga regleringsbrev för sveriges myndigheter.
Merparten av Naturvårdsverkets tilldelade anslag är så kallade sakanslag. De syftar till att åstadkomma en effekt i miljöarbetet, till exempel skydd och skötsel av värdefull natur. Naturvårdsverket fördelar en stor del av sakanslagen till andra aktörer.
Kostnader för Naturvårdsverkets löpande verksamhet, det vill säga för personal och lokaler med mera, finansieras med ett årligt statligt så kallat förvaltningsanslag.
Utöver anslag får Naturvårdsverket finansering genom avgifter och bidrag. I Naturvårdsverkets årsredovisning finns mer information om det.