Enligt 2 kap 1 § förordningen om fisket, vattenbruket och fiskerinäringen ska inte kap 2 tillämpas om det strider mot bestämmelserna i artskyddsförordningen eller föreskrifter som har meddelats med stöd av denna.

Enligt 2 kap 5 § förordningen om fisket, vattenbruket och fiskerinäringen är det förbjudet att fiska mal, flodpärlmussla och sådana arter av fisk, vattenlevande kräftdjur och vattenlevande blötdjur som i bilaga 1 till artskyddsförordningen markerats med N. För närvarande är det endast tjockskalig målarmussla och sirlig skivsnäcka som markerats med N i bilaga 1 till artskyddsförordningen.

Enligt 2 kap 12 § kan Fiskeriverket meddela föreskrifter om vilken hänsyn som ska tas till naturvårdens intressen vid fiske.

När det handlar om bifångster av vilda däggdjur och fåglar vid fiske bör detta främst regleras i fiskelagstiftningen. Jaktlagstiftningen är inte tillämplig eftersom det inte handlar om jakt på viltet i fråga. Syftet är att fånga fisk, inte vilt. Eftersom fiskelagstiftningen för närvarande inte reglerar bifångster i enlighet med Kommissionens vägledning bör 4 § 1 punkten  artskyddsförordningen istället tillämpas.

Dispens enligt förordningen om fisket, vattenbruket och fiskerinäringen

Enligt 2 kap 21 § i förordningen om fisket, vattenbruket och fiskerinäringen får undantag ges från bestämmelserna i 2 kap 5 § samma förordning om det finns vetenskapliga eller andra skäl. Sådana ärenden avgörs av länsstyrelsen i det aktuella länet.

Enligt 2 kap 22 § i förordningen får undantag endast lämnas om förutsättningarna i 14 § artskyddsförordningen är uppfyllda.

Bestämmelserna i 2 kap 22 § förordningen om fisket, vattenbruket och fiskerinäringen är endast tillämpliga på tjockskalig målarmussla och sirlig skivsnäcka eftersom det endast är de som är markerade med N i artskyddsförordningen.