Blå Jungfrun består av rödlätta, kala, ispolerade klippor av granit och stora blockmarker. Klipporna är behagligt släta och jämna, och mycket vackra. Ön är bara drygt en kilometer i diameter, men uppvisar trots det skarpa kontraster.
Den norra delen domineras av hällmarker med klyftor och sänkor. På den södra sidan är ön lägre och flackare och beväxt med lummig lövskog. På Linnés tid krävdes yxa för att komma igenom denna skog, som då var helt igenväxt med slingrande murgröna. Blå Jungfrun har troligen aldrig haft någon bofast befolkning.
Stenlabyrint
Flera grottbildningar och en stenlabyrint gör ett besök på Blå Jungfrun extra spännande. De enda däggdjuren på ön är skogshare och fladdermus. Floran är rik på lavar och karaktärsfågel är tobisgrisslan.