Havsörnen är liksom andra rovdjur, som är högst upp i näringskedjan, en art som drabbas hårt av föroreningar i miljön. När halterna av miljögifterna DDT och PCB på 1970-talet var som högst i Östersjön var hela havsörnsstammen på väg att slås ut. Havsörnen hade sannolikt inte överlevt i Östersjön utan stödutfodring och uppfödning.
Huvudproblemet var att fortplantningen slogs ut. Miljögifterna inverkade negativt på honornas förmåga att utsöndra kalcium. Detta gjorde att äggens skal ibland blev så tunna att de krossades under ruvningen, och så porösa att de torkade ut. I många ägg skedde över huvud taget ingen fosterutveckling eller så dog fostren.
Över 800 havsörnspar i landet

Havsörnens utbredningsområden i Sverige. Illustration: Naturhistoriska riksmuseet.
I takt med att miljögiftsbelastningen har minskat i havet så har antalet lyckade häckningar för havsörnen återhämtat sig och stammen ökar. Beståndet i hela landet uppskattas i dag till åtminstone 800 par. Andelen lyckade häckningar är i stort sett tillbaka på den ursprungliga nivån från 1950-talet.
Havsörnens häckning utmed Östersjökusten (mörkgrått på kartan) delas upp i områdena Egentliga Östersjön och Bottniska viken. Den studeras inom Naturvårdsverkets nationella miljöövervakning. I dag finns återigen häckande par längs hela den svenska Östersjökusten.
Kullarna är mindre i Bottniska viken
Trots att utvecklingen går i rätt riktning finns flera orosmoment och frågetecken kvar. Det har visat sig att havsörnspar i södra Bottniska viken (Bottenhavet) fortfarande får färre ungar i sina kullar än de i övriga delar av kusten. Under de senaste tio åren har också allvarliga skador på skalen börjat uppträda igen hos ett fåtal honor i Bottenhavet. Det handlar om samma typ av förändringar som var vanliga i hela kustbeståndet under 1960-1980-talet och som medför att äggen torkar ut. Dessa skador försvann ur beståndet under 1990-talet men har nu alltså börjat visa sig igen. I norra Bottenhavet har dessutom analyser av ägg visat kraftigt förhöjda halter av DDE och PCB. Det är dock ett litet antal honor som har lagt ägg med höga miljögiftshalter eller med skalförändringar, och därför märks inte detta på populationstillväxten, som alltjämt är positiv.
Blyförgiftning är vanlig dödsorsak
En undersökning av 116 havsörnar som hittats under perioden 1981-2004 visade att blyförgiftning var en vanlig dödsorsak. Cirka 20 procent av fåglarna hade klart förhöjda nivåer av bly i njure och lever, 14 procent hade dödliga koncentrationer. Blyets sammansättning av stabila isotoper visade att fåglarna med dödliga halter hade exponerats för bly från annan källa än örnar med normala halter. Forskarnas förklaring är att havsörnar med dödliga koncentrationer av bly har ätit skjutna jaktbyten och slaktrester som lämnats kvar i naturen. Både blyhagel och splitter från blykulor har påträffats i fåglarnas matsmältningskanal.
År 2002 infördes förbud mot att använda blyhagel vid jakt över grunda våtområden. En ny undersökning av 198 havsörnar från perioden 2005-2011 visar att andelen individer med klart förhöjda nivåer av bly i njure och andelen med dödliga koncentrationer trots detta är oförändrad. Den vanligaste kända dödsorsaken hos havsörn är emellertid kollisioner med tåg, något som lokalt kan ha kortsiktiga effekter på populationsnivå.