Delprogrammet NILS (Nationell Inventering av Landskapet i Sverige) levererar delunderlag till rapporteringen enligt EU:s habitatdirektiv. Delprogrammet Svensk sjöfågelinventering ger underlag för rapportering enligt våtmarkskonventionen (Ramsarkonventionen) och enligt African-Eurasian Waterbird Agreement (AEWA) under Bonnkonventionen. Delprogrammet Nationell kustfågelövervakning utvecklades för att förbättra underlaget för rapportering enligt fågeldirektivet och havsmiljödirektivet.
Ett flertal indikatorer baserade på fågelövervakningen har tagits fram. Data från Svensk Fågeltaxering används i EEA:s indikator för vanliga fåglar (Common Birds – populations index) och data från Svensk Dagfjärilsövervakning används i EEA:s indikator för fjärilar i gräsmarker (Grassland butterflies - population index). Data från Svensk fågeltaxering används vidare i kärnindikatorer för uppföljning av de svenska miljömålen Levande skogar och Storslagen fjällmiljö. För miljömålet Ett rikt odlingslandskap finns en kärnindikator byggd på data från både Svensk Fågeltaxering och Svensk Dagfjärilsövervakning. Data från NILS-programmet används till en kärnindikator för uppföljning av miljömålet Storslagen fjällmiljö (Fjällvegetation).
Samordning
De fasta standardrutterna inom Svensk Fågeltaxering (SFT) är samlokaliserade med NILS-programmets observationsnät.
Jordbruksverket finansierar en specialinventering av ett stickprov av ängs- och betesmarksobjekt som ligger inom NILS-rutorna.
Från 2008 har NILS också medel från Naturvårdsverkets anslag för biologisk mångfald för att göra extra inventeringsmoment för att följa upp EU:s art- och habitatdirektiv.
Regional och lokal samordning
Ett regionalt landskapsövervakningsprogram, REMIIL, använder NILS-programmets observationsnät för att lägga ut sitt eget stickprov.
Många länsstyrelser finansierar inventering av standardrutter inom Svensk Fågeltaxering.
Utvärderingar
Senaste övergripande programrevision ägde rum 1999, som en del av revisionen av hela miljöövervakningen. En översyn av fågelövervakningen avslutades i slutet av 2011. En översyn av NILS-programmet gjordes 2007–2008, och en extern utvärdering gjordes 2011.
Delprogram